P. flagellifer có phạm vi phân bố ở Ấn Độ Dương - Thái Bình Dương. Từ Biển Đỏ, loài này được ghi nhận trên khắp vùng biển bao quanh bán đảo Ả Rập, trải dài về phía nam dọc theo bờ biển Đông Phi đến Nam Phi, bao gồm Madagascar và các đảo quốc xung quanh đến Nam Ấn Độ và Tây Úc; từ vùng biển Nam Nhật Bản và đảo Đài Loan trải dài đến Nam Việt Nam và các quốc gia thuộc Đông Nam Á hải đảo; phía đông trải dài đến Papua New Guinea, quần đảo Solomon, Vanuatu, New Caledonia, về phía nam đến bờ đông của Úc[1].

Loài này sống gần các rạn san hô và rạn đá ngầm trên nền đáy đá vụn, hoặc trong các thảm cỏ biển xen lẫn tảo mơ ở độ sâu đến 78 m[3].